1. Prof. KH. Abdul Kahar Muzakkir (1945 - 1948; 1948 -1960)
Ketika dibuka untuk pertama kali dengan nama STI (8 Juli 1945) Rektor Magnificus yang dipilih adalah Prof. KH. Abdul Kahar Muzakkir.
Tokoh Islam yang pernah menjadi anggota Dokuritsu Zunby Tjoosakai (Badan Penyelidik Usaha-Usaha Persiapan Kemerdekaan Indonesia) ini pula yang tetap dipertahankan ketika UII dihadirkan sebagai pengganti STI pada 4 Juni 1948. Beliau menduduki jabatan sebagai Rektor UII sampai tahun 1960.
2. Prof. Mr. RHA. Kasmat Bahuwinangun (1960 - 1963)Prof. RHA. Kasmat Bahuwinangun tampil menggantikan Prof. KH. Abdul Kahar Muzakkir sebagai rektor pada tahun 1960. Prof. Kasmat menduduki jabatan itu dalam waktu relatif pendek yakni hanya sekitar tiga tahun.
Tetapi, dalam kepemimpinannya yang pendek itu Prof. Kasmat telah berhasil membawa UII berkembang lebih maju dengan dibukanya Fakultas Syari'ah dan Tarbiyah, cabang UII di luar Yogyakarta, dan diperolehnya status bagi fakultas-fakultasnya.
Fakultas Syari'ah dan Tarbiyah dibuka pada tahun 1961 dan 1962 sebagai pengganti Fakultas Agama UII yang pada tahun 1950-an diambil alih oleh Departemen Agama. Prof. Mr. RHA. Kasmat Bahuwinangun mengakhiri jabatannya sebagai Rektor UII pada tahun 1963.
3. Prof. Dr. Sardjito (1963 - 1970)Prof. Dr. Sardjito tampil menggantikan Prof. Mr. RHA. Kasmat Bahuwinangun sebagai Rektor UII sejak tahun 1963. Mantan Rektor UGM yang namanya diabadikan sebagai mana rumah sakit terbesar di Daerah Istimewa Yogyakarta (Rumah Sakit Sardjito) ini menjadi Rektor UII selama lebih kurang tujuh tahun. Dalam masa kepemimpinannya, status Disamakan untuk Fakultas Ekonomi dan Fakultas Hukum UII diperoleh dari pemerintah.
Dalam masa kepemimpinannya pula, UII semakin melebarkan sayapnya dengan membuka fakultas-fakultas cabang UII di berbagai daerah di Indonesia, seperti: Surakarta, Madiun, Purwokerto, Gorontalo, Cirebon, Bangil, dan Klaten.
Pada periode ini dibuka Fakultas Teknik dan Fakultas Kedokteran di lingkungan UII.
4. H. GBPH Prabuningrat (1970-1973)Prof. Dr. Sardjito wafat pada tahun 1973 ketika sedang menjabat Rektor UII. Kepergiannya yang tiba-tiba menyebabkan UII agak shock. UII kesulitan mencari figur lain yang siap menjadi rektor definitif pada masa itu.
Maka, jalan yang ditempuh adalah membentuk Presidium (Rektorium) UII yang terdiri atas H. GBPH Prabuningrat, Prof. Mr. RHA. Kasmat Bahuwinangun, dan Brigjen Sutarto. Presidium tersebut kendati hanya bertugas tidak lebih dari tiga tahun telah berhasil mengembangkan UII ke arah yang lebih maju.
Kampus UII di Jalan Cik Di Tiro 1 yang terkenal itu merupakan buah usaha Presidium yang berhasil menggali dana dari NOVIB di Nederland.
5. H. GBPH Prabuningrat (1973-1982) Rektor definitif UII bisa dibentuk kembali setelah H GBPH Prabuningrat bersedia memangku jabatan tersebut pada tahun 1973. Prabuningrat terpilih sebagai rektor dalam tiga periode berturut-turut (yaitu 1973 - 1978, 1978 - 1981, dan 1982 - 1986). Tetapi periode yang ketiga hanya sempat dijalaninya tidak sampai satu tahun karena pada akhir tahun 1982 beliau wafat.
Sejak periode Prabuningrat inilah, dalam kepemimpinan di UII dikenal adanya Pembantu Rektor dan Sekretaris Rektor. Pada periode 1973 - 1978 H. GBPH Prabuningrat sebagai Rektor didampingi oleh Drs. Syaifullah Mahyudin, MA (Pembantu Rektor I), Ir. RHA. Syahirul Alim, M.Sc. (Pembantu Rektor II), dan Siswo Wiratmo, SH (Sekretaris Rektor).
Pada periode 1978 - 1981 H. GBPH Prabuningrat dibantu oleh Siswo Wiratmo, SH (Pembantu Rektor I), Ir. RHA. Sahirul Alim, M.Sc. (Pembantu Rektor II), dan Hifni Muchtar, L.Ph. (Pembantu Rektor III).
Sedangkan, pada periode 1982 - 1986 H. GBPH Prabuningrat dibantu oleh Prof. Dr. Ace Partadiredja (Pembantu Rektor I), Drs. H. Asy'ari Anwar (Pembantu Rektor II), Dahlan Thaib, SH (Pembantu Rektor III), dan Ir. RHA. Sahirul Alim, M.Sc. (Pembantu Rektor IV).
Selama periode-periode kepemimpinan Prabuningrat ini kemajuan UII lebih terlihat terutama pada pembangunan sarana fisik sehingga UII berhasil membangun gedung-gedungnya sendiri.
Dalam bidang akademik terlihat pula peningkatan status beberapa fakultas di lingkungan UII serta mulai digalakkannya pengangkatan dosen-dosen tetap. Pada masa Prabuningrat ini pulalah animo masyarakat untuk masuk UII memperlihatkan perkembangan yang sangat tajam.
6. Prof. Dr. Ace Partadiredja (1982 - 1989)Belum satu tahun menjabat Rektor untuk periode yang ketiga kalinya H. GBPH Prabuningrat meninggal dunia. Tepatnya beliau meninggal pada tanggal 31 Agustus 1982.
Sesuai dengan Statuta, Prof. Dr. Ace Partadiredja ditetapkan sebagai Pjs. Rektor yang selanjutnya dikukuhkan sebagai rektor definitif untuk periode 1983-1985. Pada periode 1983 - 1985 ini Prof. Dr. Ace Partadiredja didampingi oleh Drs. Soeroyo, MA (sebagai Pembantu Rektor I), Drs. H. Asy'ari Anwar (Pembantu Rektor II), Dahlan Thaib, SH (Pembantu Rektor III) dan Ir. RHA. Sahirul Alim, M.Sc. (Pembantu Rektor IV).
Kedudukan Drs. H. Asy'ari Anwar sebagai Pembantu Rektor II kemudian digantikan oleh Drs. Effendi Ari karena pada bulan Juni 1985 Drs. H. Asy'ari Anwar meninggal dunia.
Pada akhir tahun 1985 Prof. Dr. Ace Partadiredja ditetapkan kembali sebagai Rektor (dengan maksud) sampai akhir tahun 1986 dengan komposisi para pembantunya tetap seperti pada akhir periode 1985.
Tetapi pada bulan Desember 1986 Prof. Dr. Ace Partadiredja ditetapkan kembali menjadi Rektor untuk masa bakti 1987 - 1989. Untuk masa tugasnya yang terakhir ini Prof.Dr. Ace Partadiredja melakukan perubahan personal pada jabatan Pembantu Rektor I yang menampilkan Ir. KRT. Wisnukoro Hanotoprodjo menggantikan Drs. Soeroyo, MA.
Dengan demikian, susunan Rektoriat periode 1987 -1989 adalah Prof. Dr. Ace Partadiredja (Rektor), Ir.KRT. Wisnukoro Hanotoprodjo (Pembantu Rektor I), Drs. Effendi Ari (Pembantu Rektor II), dan Dahlan Thaib, SH (Pembantu Rektor III).
Pada bulan Juni 1989 H. Siswo Wiratmo, SH tampil sebagai Pj. Pembantu Rektor I menggantikan Ir. KRT. Wisnukoro Hanotoprodjo yang meninggal dunia ketika masa jabatannya belum habis.
Pada masa kepemimpinan Prof. Dr. Ace Partadiredja pembangunan/ pengembangan bidang akademik dilakukan seimbang dengan bidang sarana fisik. Pembangunan Kampus Antara dan rencana kampus terpadu secara lebih detail disertai dengan penggalakan pengiriman dosen-dosen tetap di lingkungan UII untuk mengikuti program studi lanjut (S2 dan S3) baik di dalam maupun di luar negeri.
Dapat dikatakan bahwa di bawah kepemimpinan Prof. Dr. Ace Partadiredja program studi lanjut bagi dosen mulai mendapatkan porsi yang sangat memadai.
7. Presidium Prof. H. Zaini Dahlan, MA (1989)Sejak bulan Juni 1989 Prof. Dr. H. Ace Partadiredja sebenarnya sudah tidak dapat melaksanakan tugasnya secara efektif karena menjadi guru besar tamu di Universitas Nasional Singapura.
Tugas-tugasnya sebagai rektor sehari-hari dilakukan oleh pembantu rektor di bawah pimpinan Pjs. Pembantu Rektor I. Akhirnya, sejak pertengahan November 1989 Prof. Dr. H. Ace Partadiredja menyerahkan mandatnya sebagai rektor kepada Pengurus Harian Badan Wakaf UII karena tuntutan keadaan.
Berdasarkan penyerahan mandat itu, Senat Universitas dan Pengurus Harian Badan Wakaf UII menyepakati dibentuknya sebuah presidium yang bertugas menyelenggarakan tugas-tugas kerektoran di UII sampai akhir Desember 1989. Prof. H. Zaini Dahlan, MA ditampilkan sebagai Ketua Presidium dengan didampingi oleh dua orang anggota yaitu Prof. Dr. H. Zanzawi Soejoeti, M.Sc. dan Dr. Ahmad Syafi'i Ma'arif.
Pada akhir minggu ketiga bulan Desember 1989 Presidium tersebut berhasil menyelenggarakan pemilihan rektor definitif sesuai dengan statuta UII. Prof. Dr. H. Zanzawi Soejoeti terpilih sebagai rektor UII periode 1990 - 1993.
8. Prof. Dr. H. Zanzawi Soejoeti, M.Sc. (1990 - 1993)Seperti telah dikemukakan di atas pada bulan Desember 1989 Prof. Dr. H. Zanzawi Soejoeti, M.Sc. terpilih menjadi Rektor UII periode 1990 - 1993.
Untuk mendampinginya dalam kepemimpinan di UII telah dipilih pula (melalui Sidang Senat Universitas) tiga orang pembantu rektor, yaitu Drs. Afan Gaffar, MA., Ph.D. (Pembantu Rektor I), Drs. H. A. Rasyid Baswedan, SU (Pembantu Rektor II), dan Drs. IN. Mufti Abu Yazid (Pembantu Rektor III).
Pembangunan bidang akademik tanpa mengesampingkan penataan bidang administrasi tampaknya menjadi titik berat program Prof. Dr. H. Zanzawi Soejoeti, M.Sc. Hal ini tampak dari semakin dimantapkannya penyelenggaraan program studi lanjut bagi dosen-dosen (karyasiswa), pemantapan kurikulum, perhatiannya pada rasio dosen-mahasiswa, dan sebagainya.
9. Pjs. Rektor Prof. Dr. H. Zanzawi Soejoeti, M.Sc. (Januari 1994)Seharusnya masa jabatan Prof. Zanzawi Soejoeti sebagai rektor berakhir pada akhir Desember 1993 sehingga pada awal 1994 sudah tampil rektor baru. Tetapi pemilihan calon rektor pada pertengahan November 1993 tidak berhasil mendapatkan calon yang bersedia untuk menjabat rektor.
Maka, pada bulan Desember 1994 Sidang Dewan Pengurus Badan Wakaf mengangkat kembali Prof. Zanzawi untuk menjadi Pejabat Sementara Rektor terhitung tanggal 1-31 Januari 1994.
Pengangkatan Prof. Zanzawi sebagai Pjs. Rektor dikaitkan pula dengan rencana kunjungan Presiden Soeharto ke kampus UII yang bersedia hadir atas undangan Rektor dan Pengurus Badan Wakaf dalam rangka peringatan Setengah Abad UII (1364 H -1414 H/1945 M -1994M).
Dalam kedudukannya sebagai Pjs. Rektor itu,Prof.Zanzawi dibantu oleh tiga orang Yang Melaksanakan Tugas (YMT) Pembantu Rektor (Purek), yaitu YMT Purek I Dr. Moh. Mahfud MD, SH, SU; YMT Purek II Drs. Sunardji Daromi, MM; YMT Purek III Ir. H. Harsoyo, M.Sc.
Dengan sambutan yang sangat antusias dari warga UII dan seluruh masyarakat Yogyakarta, pada tanggal 15 Januari 1994 Presiden Soeharto dan Ibu Tien disertai oleh Mendikbud Wardiman Djojonegoro dan Menag Tarmizi Taher berkunjung ke kampus terpadu UII di Jl. Kaliurang Km. 14.
Dalam sambutannya Presiden Soeharto mengatakan bahwa adanya UII yang lahir 40 hari sebelum proklamasi kemerdekaan membuktikan bahwa para pejuang kemerdekaan dan pendiri republik ini telah memikirkan tentang pentingnya dunia pendidikan untuk mengisi kemerdekaan.
Kemerdekaan akan dapat dinikmati dengan baik jika disertai dengan pendidikan yang baik bagi masyarakat agar mereka dapat mengisi akan kemerdekaan itu dengan kemajuan-kemajuan. Selanjutnya, Presiden memuji juga keberhasilan UII dalam mengatur administrasi lembaganya kendati sekaligus bernaung di bawah dua departemen yaitu Depdikbud dan Depag.
Menurut Presiden, tidaklah mudah melakukan hal yang seperti ini. Dalam kesempatan itu, Presiden telah menulis pula pesan yang ditulis dengan tangan beliau sendiri yang berbunyi sebagai berikut:
"Hanya yang berilmu dan bijak akan berhasil dalam mengabdi dan berbakti. Di Universitas Islam Indonesia, Anda akan menemukan ilmu dan kebijakan. Paculah dirimu. "
10. Prof. H. Zaini Dahlan, MA (1994 - 1998)Sebagai pengganti Prof. Dr. H. Zanzawi Soejoeti, M.Sc., akhirnya Prof. H. Zaini Dahlan, MA terpilih sebagai Rektor UII periode 1994 - 1998 melalui Rapat Senat Universitas dan telah terpilih pula tiga orang pembantu rektor, yaitu Dr. Moh. Mahfud MD, SH, SU (Pembantu Rektor I), Drs. Supardi, MM (Pembantu Rektor II), dan Ir. H. Harsoyo, M.Sc. (Pembantu Rektor III).
Pada periode ini telah dicanangkan dasar pengembangan program di bidang akademik dengan kombinasi program yang efektif dan efisien dalam pemanfaatan sumber daya.
Begitu pula, program keterbukaan dan ukhuwah Islamiyah di kalangan sivitas akademika mulai dikembangkan dan diharapkan dapat mengantisipasi konflik yang mungkin timbul.
Pengembangan akademik akan diarahkan pada pengembangan vertikal (pascasarjana dan diploma) serta pengembangan horizontal (Strata 1 Psikologi, MIPA, Teknik Industri dan sebagainya).
11. Prof. H. Zaini Dahlan, MA (1998 - 2002)Untuk yang kedua kali secara berurutan, Prof. H. Zaini Dahlan, MA terpilih sebagai Rektor UII periode 1998-2003 melalui Rapat Senat Universitas.
Masih konsisten dengan konsep tahun sebelumnya, Rektor bersama tiga pembantu rektornya (Dr. H. Moh. Mahfud MD, SH, SU, Pembantu Rektor I; Drs.H. Supardi, MM, Pembantu Rektor II; dan Ir. H. Muhammad Teguh, MSCE, Pembantu Rektor III), berupaya mengkonkritkan program pemanfaatan sumberdaya yang efektif dan efisien, di samping program keterbukaan dan ukhuwah Islamiyah di lingkungan UII.
Pengembangan akademik tetap diarahkan pada pengembangan vertikal (pascasarjana dan diploma) dan pengembangan horisontal (jurusan baru tingkat strata 1).
12. Dr. Ir. Luthfi Hasan, MS. (2002 - 2006)Sebagai pengganti Prof. H. Zaini Dahlan, MA akhirnya Dr. Ir. Luthfi Hasan, MS terpilih sebagai Rektor UII periode 2002 - 2006.
Pada periode ini, telah terpilih pula empat pembantu rektor, yaitu Dr. S F. Marbun, SH, M.Hum. (Pembantu Rektor I), Drs. Muqodim, MBA, Ak. (Pembantu Rektor II), Ir. Bachnas, M.Sc. (Pembantu Rektor III) dan Drs. M. Akhyar Adnan, MBA, Ph.D, Ak. (Pembantu Rektor IV).
13. Prof. Dr. Drs. Edy Suandi Hamid, M.Ec. (2006 - 2010) Pada periode ini, akhirnya Prof. Dr. Drs. Edy Suandi Hamid, M.Ec. terpilih sebagai Rektor UII periode 2006 - 2010 melalui proses demokrasi yaitu proses pemilihan secara langsung dimana seluruh dosen dan pegawai tetap, perwakilan dari lembaga tingkat fakultas dan universitas serta perwakilan mahasiswa ikut terlibat dalam proses pemilihan ini.
Pada periode ini, telah terpilih tiga wakil rektor, yaitu Ir. Sarwidi, MSCE, Ph.D. (Wakil Rektor I), Dra. Neni Meidawati, M.Si.,Ak. (Wakil Rektor II), dan Ir. Sutarno, M.Sc. (Wakil Rektor III)
Baca Selengkapnya......